Der Wasserreichtum gibt der Juralandschaft ihr ganz eigentümliches Gepräge.
 
Zahlreiche Weiher und Seen (z.B. Lac de Joux, Lac du Saint-Point, Lac de l'Abbaye) liegen auf den Plateaus des Jura. In ihnen spiegeln sich der Horizont und die sanften, meist von schwarzgrünen Tannen bestandenen Hügelzüge.

In der Nähe dieser Seen befinden sich häufig Moorgebiete (z. B. die "Tourbières" bei Frasne) mit ihren niedrigen, kurzstämmigen Bäumen und ihrem typischen Pflanzenwuchs. Hier gedeihen unter anderem Pflanzen, die noch aus der letzten Eiszeit stammen, und die sonst nur im Hohen Norden - in der Taiga oder Tundra - zu finden sind.

Berühmt ist der Jura aber vor allem durch seine Quellen (z. B. Loue-, Dessoubre- und Lison-Quelle). Diese sind für ein Karstgebiet ganz typische und überaus faszinierende Erscheinungen. Eigentlich sind es keine richtige Quellen: Das Wasser, das aus grösseren oder kleineren Löchern im Fels tritt, ist nämlich nur Sickerwasser und wird vom Regenwasser und von Seen und Flüssen in höheren Lagen gespiesen. Aber der Quell-Effekt ist da, und wir schauen gebannt zu, wie das vom prorösen Kalkfels geschluckte Nass durch einen kleinen Spalt oder durch ein grosses Felstor ins Freie tritt.

Und der Ort, die Umgebung, in der sich dieses phänomenale Geschehen abspielt, ist meist ebenso grossartig ausgestaltet: Gewaltige, kirchturmhohe Felsen, Grotten, Höhlen und lauschige Waldplätzchen bilden häufig den natürlichen Rahmen.

Die Karstquellen treten meist am Ende von sogenannten "Reculées" (oder auch "Bout du monde") auf. Reculées sind Taleinschnitte, die als Abschluss eine schroffe, ja geradezu übermächtige Felswand aufweisen. Sie sind von einer ganz herben landschaftlichen Schönheit (z. B. "Cirque de Baume" bei Lons-le-Saunier, "Cirque de Consolation" im Tal des Dessoubre, "Cirque de Fer de Cheval" bei Arbois). All diese "Cirques" befinden sich an jenen geologischen Punkten, wo ein Juraplateau an die Flanke des nächst höheren Juraplateaus stösst. Sie stellen in einem gewissen Sinn den Schnittpunkt der beiden Plateaus dar.
   
Die Schönheit der Reculées wird uns in ganz besonderem Mass offenbar, wenn wir sie von oben herab, von Aussichtspunkten, sogenannten "Bevédères", aus betrachten. Von ihnen gibt es eine ganze Menge im Jura, und es ist auf einer Velotour nicht immer angezeigt, ihren Lockungen zu folgen: Zu viel Zeit verlieren wir damit, ohne dass sich das Gesehene lohnt. Aber einige von ihnen, wie z. B. die "Roche du Prêtre" am Ausgangspunkt des Dessoubre-Tales, die "Belvédère du Moine" bei Ouhans (mit Blick übers Loue-Tal), oder die "Notre Dame de la Libération" bei Besançon sind einzigartig in ihrer Wirkung und hinterlassen einen bleibenden Eindruck.

Von landschaftlich ganz besonderem Reiz sind viele kleine, plötzlich in Erscheinung tretende Schluchten - und vor allem die Flusstäler (Val de Travers, Vallon de St. Imier, Doubs-, Loue-, Dessoubre- oder Aintal). Es sind dies Täler, die in der Hauptsache von Felsen und von Flühen und von viel Wald geprägt sind, und in denen die Dörfer harmonisch eingebettet liegen.